I livelli II e I si snodano seguendo la pendenza della strada interna, uno dei luoghi più suggestivi dell’intera struttura ospedaliera. Ai lati della strada, al di là della scansione dei portali che si aprivano sul paramento murario si sviluppavano ambienti di servizio, rimesse, granai, cellieri, sedi di confraternite. Qui si conservano anche, stando alle indagini archeologiche condotte dall’università di Siena, le tracce più antiche di presenza sulla collina della cattedrale, antecedenti alla costruzione ed espansione dell’ospedale.

Lungo il lato sinistro, per chi risale la strada scendendo dal III livello, si trova l’ingresso ai due percorsi, il museo archeologico nazionale e la sezione “Siena. Racconto della Città dalle origini al Medioevo”.

Il percorso del museo archeologico attraversa ampi spazi costruiti a mattoni alternati a cunicoli scavati nell’arenaria; lungo il percorso si aprono inoltre celle con tetto a doppio spiovente e due silos, destinati verosimilmente alla raccolta di granaglie.

Nella sezione “Siena. Racconto della Città dalle origini al Medioevo” si incontrano invece altri luoghi significativi della storia ospedaliera, il lavatoio e la voragine nota come carnaio.