Le charnier, c'est-à-dire la fosse commune pour les défunts de l'hôpital, fut implanté sur un terrain vierge situé à l'arrière du futur Palais du Recteur et adossé à l'enceinte murale de l'époque. Les corps qui y étaient jetés étaient ensuite recouverts de couches de chaux. Ayant été absorbée à l'intérieur de l'hôpital, la soi-disant "grande sépulture" fut fermée en 1572 parce qu'elle était alors saturée. Déjà au XVe siècle, un autre lieu d'inhumation se trouvait à l'extérieur du complexe hospitalier, qui fut complètement rénové entre 1442 et 1445. Il se situait sur un coin du potager derrière l'hôpital, au fond de la ruelle San Girolamo. Le lieu d'inhumation de Santa Maria della Scala demeura ici jusqu'en 1764, lorsque les mauvaises conditions d'hygiène poussèrent le Recteur Girolamo Pannilini à demander la concession d'un terrain situé hors de la porte S. Marco pour y faire construire un nouveau cimetière et libérer le bâtiment de l'hôpital. Ce fut le premier cimetière "extra moenia" à l'usage de Santa Maria, situé en haut de la rue du Giuggiolo. Il eut une courte existence, car exactement vingt ans plus tard, en vertu de la nouvelle législation grand-ducale, on dut en construire un nouveau en dehors de la porte Laterina, qui existe encore aujourd'hui. extra moenia ad uso del Santa Maria, localizzato in cima alla strada del Giuggiolo. Ebbe vita breve, poichè esattamente venti anni piu' tardi, in base alla nuova legislazione granducale, se ne dovette costruire uno nuovo fuori dalla porta Laterina, tutt'oggi esistente.