El carnaio, es decir la fosa común para los fallecidos del hospital, fue implantado en un terreno virgen situado en la parte trasera del futuro Palacio del Rector y junto a la muralla de la época. Los cuerpos que allí eran arrojados eran luego cubiertos con capas de cal. Ya absorbida en el interior del hospital, la llamada "sepultura grande" fue cerrada en 1572 porque ya estaba saturada. Ya en el siglo XV otro lugar de sepultura se encontraba en el exterior del complejo hospitalario, que fue completamente renovado entre 1442 y 1445. Se ubicaba en una esquina del huerto trasero del hospital, al fondo del callejón San Girolamo. El lugar de inhumación del Santa Maria della Scala permaneció aquí hasta 1764, cuando las malas condiciones higiénicas impulsaron al Rector Girolamo Pannilini a solicitar la concesión de un terreno situado fuera de la puerta S. Marco para construir allí un nuevo camposanto y liberar la fábrica del Hospital. Fue este el primer cementerio fuera de los muros de uso del Santa Maria, localizado en la cima de la calle del Giuggiolo. Tuvo una vida breve, pues exactamente veinte años más tarde, en base a la nueva legislación granducal, se tuvo que construir uno nuevo fuera de la puerta Laterina, que todavía existe.