Il carnaio, cioè la fossa comune per i deceduti dell'ospedale, venne impiantato in un terreno vergine posto sul retro del futuro Palazzo del Rettore e a ridosso della cinta muraria dell'epoca. I corpi che vi erano gettati erano poi coperti con strati di calce. Ormai assorbita all'interno dell'ospedale, la cosiddetta "sepoltura grande" venne chiusa nel 1572 perchè ormai satura. Già nel XV secolo un altro luogo di sepoltura si trovava all'esterno del complesso ospedaliero, che fu completamente rinnovato fra il 1442 e il 1445. Esso si ubicava su un angolo dell'orto retrostante l'ospedale, in fondo al vicolo San Girolamo. Il luogo di inumazione del Santa Maria della Scala rimase qui fino al 1764, quando le cattive condizioni igieniche spinsero il Rettore Girolamo Pannilini a chiedere la concessione di un terreno situato fuori alla porta S. Marco per farvi costruire un nuovo camposanto e liberare la fabbrica dell'Ospedale. Fu questo il primo cimitero extra moenia ad uso del Santa Maria, localizzato in cima alla strada del Giuggiolo. Ebbe vita breve, poichè esattamente venti anni piu' tardi, in base alla nuova legislazione granducale, se ne dovette costruire uno nuovo fuori dalla porta Laterina, tutt'oggi esistente.