Vero e proprio snodo dei percorsi all’interno dell’ospedale, in passato come adesso, la corte della cisterna (che si sviluppa al livello sottostante), già ricordata nella relazione sulla struttura redatta per Gian Galeazzo Visconti nel 1399, costituiva il punto di convergenza di uomini e merci che arrivavano della strada coperta e dalla sovrastante ‘porta dei vetturali’. Oggetto di un impegnativo intervento di restauro al momento della trasformazione da ospedale a museo e attualmente di uno studio storico-architettonico, essa permette l’accesso agli spazi dell’antico granaio, alla sede della confraternita di Santa Caterina della Notte e ai cosiddetti magazzini della Corticella, luoghi funzionali (il forno, i cellieri) e, in caso di necessità, di accoglienza per l’ospedale medievale.

Attraverso gli stretti passaggi scavati o ricavati anche nello strato geologico si attraversano ampi spazi, si vedono affacci su stanze sottostanti, si superano pozzi di scarico ormai svuotati. Dalla corte si accede anche ad grande ambiente coperto a volte e scandito da colonne, identificato come uno dei granai dell’ospedale medievale.